Pustaka Ilmiah Universitas Padjadjaran

Abstrak

Rancangan Primer Spesifik Gen Macrophage Mannose Receptor (MMR) Untuk Polymerase Chain Reaction (PCR) Dan Sekuensing Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) {Macrophage Mannose Receptor Gene (MMR) Specific Primer Design for Polymerase Chain Reaction (PCR) and Deox yriboNucleic Acid (DNA) Sequencing}

Penentuan urutan (sekuensing) basa Deoxyriho Nucleic Acid (DNA) merupakan informasi paling mendasar suatu gen, menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai tahapannya. Salah satu kunci keberhasilan PCR adalah pemilihan rancangan primer PCR yang spesifik. Deteksi keberadaan ragaman terkait gen Macrophage Mannose Receptor (MMR) yang mengenali struktur antigen manosilat Mycobacterium tuberculosis (M.tb) dengan sekuensing DNA exon 7 kromosom 10p12 berhubungan dengan kerentanan seseorang menjadi Thberkulosis (TB) Paru, pertama kali dilakukan di Cina pada tahun 2012. Tujuan penelitian adalah mencari primer spesifik dan 2 rancanganyang berasal dari penelitian di Cina/pnimer I dan yang dirancang sendiri/primer 11 menggunakan piranti lunak primer3. Penelitian ini menggunakan bahan periksaan dari 10 orang sehat dan merupakan ini kajian pendahuluan clan penelitian yang berjudul Hubungan Single nucleotide polymorphisms (SNPs) pada Gen MMR dengan Kejadian Tuberkulosis Paru. Bahan periksaan sebanyak 3mL darah EDTA dan buffy coat kemudian diisolasi berkaitan dengan DNA. Deoxyriho nucleic acid yang diperoleh diproses dengan PCR untuk mengamplifikasi gen MMR dengan primer I dan II. Primer I berhasil mengamplifikasi fragmen DNA sebanyak 780 bp, sedangkan primer II sejumlah 329 bp. Analisis sekuensing DNA gen MMR dilakukan di hasil amplifikasi kedua macam primer dengan perangkat lunak DNA Baser dan Ensembl—BLAST. Hasil sekuensing DNA dengan menggunakan primer I ditemukan di beberapa kromosom dan dalam beberapa lokus. Sedangkan sekuensing DNA dengan menggunakan primer 11 ditemukan hanya di kromosom 10 dan satu lokus yang sama. Didasari telitian ini dapat disimpulkan rancangan primer yang spesifik adalah salah satu faktor yang paling penting dalam keherhasilan sekuensing DNA.

The order (sequencing) determination of Deoryribonucleic Acid (DNA) bases is the genes most basic information, using the method of Polymerase Chain Reaction (PCR) as its stage. A key factor of successful detection by PCR is specific PCR primer design choice. The detection of diversity of Mycobacterium Mannose Receptor (MMR) gene, responsible for recognizing mannosylated antigen structure of Mycobacterium tuberculosis (M.tb) by DNA sequencing of exon 7 chromosome l0p12, related to susceptihlity for Pulmonary Tuberculosis(TB), was first performed in China in 2012. The purpose of this study was to find specific primerfromhoth design originated from the research in China/primer land my own design/primer IIby using Primer3 software. This study was based on 10 healthy subjects and was a preliminary study of a research titled. The Relationship of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) of Macrophage Mannose Receptor Gene to Pulmonary Tuberculosis Cases. The examination materials consist of 3 mL of ED TA blood and DNA extraction from its huffy Coat. The resulting DNA was processed by PCR to amplify MMR gene with primer land 11. The primer! successfully amplified DNA fragments up to 780hp while primer!! only 329 hp. The MMR gene DNA sequencing analysis was performed on the amplification result of both kinds primers by using DNA Baser and Ensemhl —BLAST software. The results were different. DNA sequencing result by using the primer was found in several chromosomes and also in several loci. Whereas, by using the primer 11. it was only found in chromosome 10 and in the same locus. Based on this study, it can be concluded that the specific primer design is one of the most important factors in the success of DNA sequencing.