Pustaka Ilmiah Universitas Padjadjaran

Abstrak

Analisis Kekerabatan Strain Lele (Clarias Spp.) Menggunakan Penanda Genetik Berbasis RAPD-PCR (Analysis Of Genetic Relationship From Catfish Strain (Clarias Spp.) Using Genetic Markers Based RAPD-PCR)

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat kekerabatan diantara strain lele melalui pendekatan genetik. Metode penelitian ini menggunakan survey dengan analisis deskriptif kualitatif dan sampel dikerjakan melalui teknik RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)di laboratorium. Dari 8 primer yang dicobakan, amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-03 (5′-AGTCAGCCAC-3′) dan OPA-09 (5′-GGGTAACGCC-3′) menghasilkan pita polimorfik terbaik. Hasil visualisasi DNA dari kedua primer menunjukan pola-pola larik polimorfik dan monomorfik. Pola larik tersebut diterjemahkan ke dalam bentuk data numerik (1/0) dan untuk mengetahui hubungan kekerabatan digunakan pohon filogenik (fenogram) yang dibuat dengan menggunakan program NTSYS-pc. Hasil fenogram secara umum dari kedua primer dan penggabungan primer diperoleh 3 kelompok besar yang terdiri dari lele Lokal, Dumbo, dan Sangkuriang. Kekerabatan ikan lele Lokal dengan lele uji lainnya memiliki indeks kesamaan berkisar 41%. Selanjutnya kelompok ikan lele Dumbo dengan ikan lele Sangkuriang memiliki kekerabatan dekat dengan indeks kesamaan berkisar 58,33%. Kelompok terakhir yang terdiri dari kelompok ikan lele Sangkuriang Garut, Sangkuriang Sumedang, Sangkuriang Tasikmalaya, dan lele Albino memiliki hubungan yang dekat dengan nilai indeks kesamaan 62,5%. Primer OPA-03 lebih sensitif untuk mendeteksi hubungan kekerabatan ikan lele Lokal, Dumbo, Sangkuriang, dan Albino.

This research was conducted to find out the kinship between strain of catfish with genetic approaches. This research was using survey with qualitative descriptive analysis method and sample was worked with RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) method in the laboratory. From 8 primers that has been used, 2 gave the best polimorfic band from amplification. That primers were OPA-03 (5′-AGTCAGCCAC-3′) and OPA-09 (5′-GGGTAACGCC-3′). DNA visualization from both primer generate two kind of bands (monomorfic and polymorfic). All bands were translated into numeric data (1/0) and to know the genetic relationship, phylogenic tree (phenogram) was used and analysed by NTSYS-pc program. The result from both primers phenogram were clustered into three group consisted Local Catfish, Dumbo Catfish, and Sangkuriang Catfish. Genetic relationship between Local Catfish with another Catfish similarity index was about 41%. Dumbo Catfish group with Sangkuriang Catfish has more closer relationship (similarity index about 58.33%). The last group was Sangkuriang catfish group (Sangkuriang Garut, Sangkuriang Sumedang, Sangkuriang Tasikmalaya, and albino catfish) (similarity index about 62.5%). OPA-03 primer was more sensitive to identify relationship level between Local Catfish, African Catfish, Sangkuriang Catfish, and Albino Catfish.