Pustaka Ilmiah Universitas Padjadjaran

Abstrak

Phylogenetics Analysis Of Marine

Phylogenetics analysis using 18S rRNA sequence was done on some marine and coastal organisms that have been used as traditional medicine in Indonesia. Proper and accurate identification of coastal and marine organisms producing bioactive compound is important to support new drug invention. Ribosomal RNA has been described as one of most useful and most used mostly for molecular chronometry. In this experiment a part of 18S rRNA gen was amplified using PCR employing 300F and 1400R primers. PCR product then was cloned using pGEM-T vector (Promega) and transformed into Eschericia coli. The recombinant Eschericia coli were sequenced by applying universal primer and internal primer. The alignment of sequenced product and phylogenetic analysis indicated that sample 1 closely related to Chaetomorpha crassa, sample 2 to Ptilophora pinnatifida, sample 3 to Flagellaria indica, and sample 4 to Wallemia ichthyophaga, respectively.

Analisis filogenetik dengan menggunakan urutan nukleotida 18S rRNA telah dilakukan terhadap beberapa organisme laut dan pesisir pantai yang biasa digunakan sebagai obat tradisional di Indonesia. Identifikasi yang tepat dan akurat perlu dilakukan terhadap organisme laut dan pesisir pantai yang memproduksi senyawa bioaktif yang penting untuk penemuan obat baru. RNA ribosom merupakan kronometer molekul yang paling bermanfaat dan paling sering digunakan. Pada penelitian ini bagian dari gen 18S rRNA diamplifikasi menggunakan sepasang primer 300F dan 1400R. Produk PCR kemudian dikloning menggunakan vektor pGEM-T (Promega) dan ditransformasi ke Escherichia coli. DNA plasmid rekombinan disekuensing menggunakan primer universal dan primer internal. Hasil penjajaran urutan nukleotida dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa sampel 1 dekat hubungannya dengan Chaetomorpha crassa, sampel 2 dekat hubungannya dengan Ptilophora pinnatifida, sampel 3 dekat hubungannya dengan Flagellaria indica, dan sampel 4 dekat hubungannya dengan Wallemia ichthyophaga.

Untuk informasi lebih lanjut dapat menghubungi : http://www.lppm.unpad.ac.id